9月21日，中秋节，哈尔滨市下辖巴彦县报告了3例新冠肺炎确诊病例，推测这是此次疫情的源头。
据哈尔滨市召开的疫情防控工作新闻发布会介绍，1号病例是在巴彦县第二人民医院通过主动核酸检测发现的。病例2和3是在主动筛查过程中在病例1的密切接触者中发现的，这些人在菲律宾境外被隔离后返回哈市。
根据流调信息，病例1于9月7日乘坐高铁从江西吉安到南昌，后乘飞机抵达哈尔滨机场。此后，病例1一直留在哈尔滨，其行动轨迹涉及道里区、南岗区、巴彦县。病例2和3是病例1的密切接触者，于8月3日从菲律宾乘飞机进入广州白云机场，在广州进行为期14天的隔离。8月18日集中隔离解除后，他们于当天飞抵哈尔滨太平国际机场。8月18日至9月1日，在巴彦县家中隔离14天，期间核酸检测均为阴性，9月1日解除隔离，直至9月21日阳性。3例病例的基因测序结果显示，均为德尔塔毒株。
目前尚不确定这三人中谁是疫情源头。此前，汕头大学病毒学家常荣山在接受采访时指出，哈尔滨本轮疫情由两名菲律宾入境人员引起的可能性极低，不能排除“病例1”在省外感染或与福建疫情有关的可能性。
哈尔滨市最早确诊的3例患者中，病例2和病例3从菲律宾返回后解除隔离。他们被确诊已经49天了。
哈尔滨疫情的初步信息确实指向了“超长潜伏期”的可能性。
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